Поиск сходных нуклеотидных последовательной, не кодирующих белки
Таблица 1. Выбор тРНК.
|
Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка GLK_ECOLI |
Y |
|
Соответствующий кодон в гене glk |
5' – TAT – 3' |
|
Идеальный антикодон |
5' – ATA – 3' |
|
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка Y, если опираться на генетический код? |
2 |
|
Сколько разных тРНК для остатка Y аннотировано в геноме кишечной палочки? |
3 копии одной тРНК |
|
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК: |
|
|
имя гена |
tyrV |
|
локализация гена в геноме |
1286467 - 1286551 комплементарная цепь |
|
распознаваемый кодон |
UAY |
|
антикодон |
GUA |
Результат поиска всех тирозиновых тРНК у Escherichia coli K-12
FT gene complement(1286467..1286551)
FT /gene="tyrV"
FT /locus_tag="b1230"
FT /note="synonyms: tyrT, ECK1225, JWR0028"
FT tRNA complement(1286467..1286551)
FT /gene="tyrV"
FT /locus_tag="b1230"
FT /product="tRNA-Tyr"
FT /anticodon=(pos:1286515..1286517,aa:Tyr)
FT /note="codons recognized: UAY; anticodon: GUA tyrosine
FT tRNA1; go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process:
FT tRNA metabolism [goid 0006399]"
FT gene complement(1286761..1286845)
FT /gene="tyrT"
FT /locus_tag="b1231"
FT /note="synonyms: Su-3, Su-4, suIII, supC, supF, ECK1226,
FT JWR0029"
FT tRNA complement(1286761..1286845)
FT /gene="tyrT"
FT /locus_tag="b1231"
FT /product="tRNA-Tyr"
FT /anticodon=(pos:1286809..1286811,aa:Tyr)
FT /note="codons recognized: UAY; anticodon: GUA tyrosine
FT tRNA1; go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process:
FT tRNA metabolism [goid 0006399]"
FT gene 4173495..4173579
FT /gene="tyrU"
FT /locus_tag="b3977"
FT /note="synonyms: sup15B, supM, supZ, ECK3968, JWR0213"
FT tRNA 4173495..4173579
FT /gene="tyrU"
FT /locus_tag="b3977"
FT /product="tRNA-Tyr"
FT /anticodon=(pos:4173529..4173531,aa:Tyr)
FT /note="codons recognized: UAY; anticodon: GUA tyrosine
FT tRNA2; go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process:
FT tRNA metabolism [goid 0006399]"
Таблица 2. Поиск гомологичной тРНК
|
Программа |
FASTA |
BLASTN |
MegaBLAST |
discontiguous MegaBLAST |
|
Длина якоря |
6 |
11 |
28 |
11 |
|
Результаты поиска |
|
|
|
|
|
Число находок с E-value < 0,01 |
1 |
0 |
0 |
0 |
|
Характеристика лучшей находки: |
||||
|
E-value |
0.0051 |
0.24 |
- |
0.23 |
|
длина выравнивания |
92 |
19 |
- |
19 |
|
вес выравнивания |
115.8 bits |
30.2 bits |
- |
30.2 bits |
|
координаты в геноме |
22290 - 22382 |
143439 - 143457 |
- |
143439 - 143457 |
|
Аннотация лучшей находки по записи EMBL: |
||||
|
имя гена |
trnSL-Ser1 |
trnY-Lys |
- |
trnY-Lys |
|
это тРНК? |
+ |
+ |
- |
+ |
|
это тоже тирозиновая тРНК? |
transfer RNA-Ser |
transfer RNA-Lys |
- |
transfer RNA-Lys |
Ни одна из найденных тРНК не является тирозиновой.
Среди данных программ у Fasta значение E-value лучшей находки меньше, вес выравнивания больше. Для данной задачи наиболее рабочей будет программа Fasta, с относительно коротким якорем (6). Программы discontiguous Megablast и blastn нашли одну и ту же тРНК. MegaBlast не нашёл ничего, якорь длиной 28 является слишком большим для нахождения коротких аминокислотных последовательностей.
Список команд:
1) formatdb -i bs_genome.fasta -p F -n bs
2) fasta34
3) blastall -p blastn -d bs -i tRNA.fasta -o blastn
4) megablast -d bs -i tRNA.fasta -o megablast -D 2
5) megablast -d bs -i tRNA.fasta -o Dmegablast -D 2 -t 16 -W 11 -N 1.